会社勤めとフリーランスの違いは自由度の高さにあります。
会社勤めの場合は基本的に会社の方針に従って仕事が進められていきます。自分1人で作業を行うのではなく割り当てられた役割を果たすことになるので、その仕事が自分の苦手な分野であっても我慢しなければならないケースが多いでしょう。
それに対してフリーランスは自分で仕事内容を決められるという魅力を持っています。苦手な分野には手を出さず、得意な分野に限定して仕事を進めていくということも可能なのがフリーランスの特徴です。

会社勤めの場合はプロジェクトチームの一員として働くことになるので、製品が完成したときの評価はチームとしてのものになります。個人としての評価はされないことが多いので、自分の技術が認められなくて悔しい思いをすることもあるでしょう。
それに対してフリーランスは全ての業務を自分でこなしていくため、仕事に対する評価は全て個人に対する評価に直結します。フリーランスの場合は自分の仕事ぶりが褒められるということが、自分の技術が認められるということと同じ意味を持つようになります。フリーランスはエンジニアとしての自分の価値を高める努力が必要です。価値の高め方はこちらで紹介されているので気になる方はご一読ください→http://freelance-consultantpark.net

会社勤めの場合は社内の営業マンが仕事を取ってきてくれることが多いです。
しかし、フリーランスは自分で営業活動を行って仕事を取ってこなければならないという問題を抱えています。営業経験のない人はSNSを利用した営業活動やエージェントへの登録、クラウドサービスの利用などで仕事を獲得していく必要があるでしょう。